La microbiota humana se define como la comunidad de microorganismos (bacterias, virus, hongos y otros) que ocupa nuestro cuerpo, en especial boca, vía respiratoria, intestino, piel y tracto urogenital. El término más amplio microbioma se refiere al conjunto de microorganismos considerando sus genes, así como las interacciones con el medio orgánico que los rodea. Una persona alberga hasta 100 billones de microbios (48 billones son bacterias), la mayoría de los cuales viven en el intestino. 

Cada persona alberga una microbiota diferente, casi como una huella dactilar. Su composición depende no solo de factores endógenos (genéticos), sino también de factores exógenos ambientales como la dieta y el estilo de vida.

En personas sanas el microbioma es equilibrado y se asocia a salud. El microbioma intestinal es el más importante y objeto de interés y estudio crecientes. Sus funciones esenciales incluyen la transformación de alimentos no digeribles en absorbibles, la síntesis de vitaminas esenciales, la eliminación de tóxicos, el fortalecimiento de la barrera intestinal, la regulación del sistema inmune e incluso la salud cerebral (el denominado eje intestino-cerebro).

Diversos factores asociados al estilo de vida dañan la microbiota intestinal beneficiosa, como el estrés, la lactancia artificial, el uso recurrente de antibióticos, el consumo regular de azúcares refinados, grasas y alcohol, el escaso consumo de fruta y verdura, diversos fármacos, etc.